El galeón San José había partido de Cádiz el 10 de marzo de 1706 acompañado de la nave almirante San Joaquín, La Santa Cruz, Nuestra Señora de Guadalupe y otro veleros de menor tamaño. La flota real llegó a Cartagena de Indias el 27 de abril de 1706 y en febrero de 1708 zarpó hacia Portobelo, localidad del actual país de Panamá.
El 28 de mayo de 1708, el San José y otros barcos de la flota zarparon de Portobelo para regresar a Cartagena de Indias, donde completarían las operaciones de cargamento de oro y piedras preciosas destinadas a la Corona de España. solamente en el San José había 11 millones de monedas de 8 escudos de oro y plata, cuyo valor se aproxima a los 5 mil millones de dólares.
Por otro lado, desde hacía algunos meses la flota inglesa al mando de Charles Wager estaba patrullando las costas caribeñas cercanas a Cartagena de Indias, ya que estaba al tanto no sólo de la inminente partida de la flota hacia España, sino también de la valiosa carga de ésta.
La flota inglesa, con base en Jamaica, estaba compuesta por cuatro naves: La Expedition, Kingston, Portland (cada una con aproximadamente 50 cañones) y la Vulture (con 8 cañones).
El gobernador de Cartagena de Indias, José de Zúñiga, sabía que los ingleses supervisaban de lejos el paso de las naves reales, y entonces intentó comunicarse con Portobelo para avisar del peligro a la flota real.
La flota española estaba compuesta por la San José (64 cañones), al mando de José Fernández Santillán; la San Joaquín (64 cañones), la Santa Cruz (44 cañones), la Nuestra Señora de la Concepción (40 cañones) y otras tres embarcaciones más pequeñas, cada una con aproximadamente treinta cañones.
La flota fue atacada por la escuadrilla inglesa el 8 de junio de 1708 cuando navegaba en el área de mar situada frente a la península de Barú. En este enfrentamiento, llamado Batalla de Barú, perdieron la vida cientos de marineros españoles e ingleses. La Expedition atacó al galeón San José causando su rápido hundimiento.
Durante la jornada siguiente los ingleses intentaron golpear y abordar la San Joaquín y las otras naves españolas, pensando que podrían encontrar parte del tesoro, pero fracasaron en el intento, ya que, para ese entonces, el fabuloso tesoro de 11 millones de monedas de oro, de un peso de alrededor de 200 toneladas, yacía en el fondo del mar, a unos 220 metros de profundidad, en un lecho marino fangoso y turbio, a la espera de que alguien, más o menos tres siglos después, intentase recuperarlo.
300 años después, la Armada Colombiana ha descubierto donde se encuentra el Galeón San José, siendo uno de los yacimientos más importantes de la historia de la arqueología con un tesoro valorado en varios miles de millones de euros. Sin embargo, más allá de la emoción de su descubrimiento, la polémica está servida sobre la propiedad del pecio.
